Nos services

Single cell RNA-Seq

Nos workflows vous aident à identifier des populations cellulaires rares, reconstruire les hiérarchies de lignées et comprendre les réponses spécifiques des cellules pour tous domaines de recherche (cancerologie, immunologie, virologie, biologie du développement ...)

Nous proposons un accompagnement complet en scRNA-Seq, incluant :

Contrôle qualité et prétraitement
Réduction de dimensionnalité et clustering
Annotation des types cellulaires et inférence de trajectoires
Analyse différentielle d’expression génique et des voies biologiques

Transcriptomique spatiale

Nous proposons des pipelines d'analyse pour un large éventail de technologies de transcriptomique spatiale.

Nos services comprennent :

Segmentation des tissus et clustering spatial
Visualisation in situ de l’expression génique
Déconvolution des types cellulaires via intégration scRNA-seq
Analyse différentielle d’expression selon les zones d'interêt
Identification des profils transcriptomiques des régions tissulaires

Nos analyses permettent de révéler l’organisation tissulaire, les niches cellulaires et les dynamiques régulatrices locales.

Génomique et Détection de Variants

Pour les données de séquençage de recherche ou cliniques, nous proposons des pipelines robustes d’analyse DNA-seq, incluant :

Prétraitement et contrôle qualité
Détection de variants constitutionnels et somatiques (SNPs, indels, CNVs, SVs)
Annotation des variants et priorisation fonctionnelle
Comparaison multi-échantillons, signatures de mutations, inférence de clonalité
Support pour panels ciblés, exome ou séquençage génomique complet (WGS)
Pipelines d’interprétation des données (ex. classification ACMG pour la pertinence clinique)

Nous accompagnons également les analyses trios et de populations.

Épigénétique & Protéomique

Nous proposons un support analytique pour les tests ciblant les mécanismes régulateurs au-delà du génome, incluant l’accessibilité de la chromatine, le contrôle transcriptionnel et la protéomique.

Épigénétique :

ATAC-seq : détection de pics, accessibilité différentielle, empreintes des facteurs de transcription
ChIP-seq : identification des sites de liaison, quantification du signal, analyse de motifs
Méthylation de l’ADN : traitement bisulfite-seq, annotation génomique
Intégration multi-omique avec le RNA-seq pour relier régions régulatrices et expression génique

Protéomique :

Quantification par spectrométrie de masse
Expression différentielle des protéines et enrichissement des voies
Profilage des modifications post-traductionnelles

Assistance à la Conception Expérimentale

Des données fiables commencent par une conception réfléchie.

Nous accompagnons les équipes de recherche pour optimiser les aspects bioinformatiques et statistiques de leur protocole expérimental avant l’acquisition des données, afin d’assurer rigueur scientifique, interprétabilité et maîtrise des coûts.

Nos services incluent :

Analyse de puissance et estimation de la taille d’échantillon pour les études omiques
Stratégies de randomisation et atténuation des effets de batch
Choix des contrôles, réplicats et points temporels appropriés
Définition de structures de métadonnées prêtes à l’analyse (conformes aux principes FAIR)

Assistance à la conception expérimentale

Support à la rédaction d’articles

Nous aidons les chercheurs à transformer des analyses complexes en résultats clairs et publiables.

Nos services incluent :

Rédaction et structuration des sections méthodes et résultats
Création de figures et tableaux de haute qualité
Relecture des interprétations bioinformatiques
Rédaction des réponses aux reviewers
Préparation des documents complémentaires (code, méthodes détaillées, résumés des données brutes)

Nous agissons en véritables collaborateurs scientifiques, pas seulement en prestataires, pour garantir que votre travail soit bien documenté, reproductible et impactant.

Développement de pipelines personnalisés

En plus des workflows standardisés, nous proposons :

Développement de pipelines personnalisés (Snakemake, Nextflow, WDL)
Modélisation statistique, apprentissage automatique et réduction de dimension
Conception et mise en place de bases de données pour la gestion des données biologiques
Tableaux de bord interactifs et rapports reproductibles (R Markdown, Shiny, Quarto, Jupyter Notebook)
Développement d’API pour intégration avec les infrastructures de recherche existantes
Interfaces conviviales destinées aux chercheurs non techniques

Nous collaborons étroitement avec les équipes expérimentales pour aligner les objectifs biologiques avec la faisabilité analytique. Nous réduisons ainsi les retours en arrière, augmentant la reproductibilité et maximisant la valeur de vos données dès le départ.

Développement de pipelines personnalisés