Service de consulting et analyses bioinformatiques
Cabinet de bioinformatique basé en France, Vidya BioSeq accompagne les équipes académiques, cliniques et biotech dans l’externalisation de leurs analyses omiques.
Analyse Single Cell RNA-Seq
Aujourd'hui, le scRNA-seq s'applique à la grande majorité des tissus et des contextes expérimentaux. Que vous travailliez en cancérologie, immunologie, virologie ou neurologie, cette technologie ouvre des questions biologiques inaccessibles au bulk RNA-seq. Nous proposons des workflows adaptés à vos objectifs pour mettre en lumière des sous-populations cellulaires rares, identifier de nouveaux mécanismes moléculaires ou caractériser des biomarqueurs valorisables.
- Filtrage rigoureux et adaptatif — nous n'appliquons pas de seuils arbitraires : chaque décision de filtrage est justifiée par la distribution réelle de vos données, pour ne pas perdre de cellules biologiquement pertinentes.
- Annotation cellulaire validée — combinaison de bases de données de référence (CellMarker, PanglaoDB) et d'expertise biologique manuelle. Chaque cluster est documenté.
- Dynamiques cellulaires — reconstruction de trajectoires développementales, inférence de pseudotemps et vélocité de l'ARN pour modéliser les transitions d'état que vos données cachent.
- De l'expression différentielle à la biologie — nous ne livrons pas une liste de gènes : nous contextualisons les résultats dans des voies fonctionnelles (GO, KEGG, Reactome) et des signatures biologiques interprétables.
Transcriptomique spatiale
Le scRNA-seq vous dit quelles cellules sont présentes. La transcriptomique spatiale vous dit où elles se trouvent — et comment leur environnement immédiat influence leur état transcriptionnel.
Nous travaillons avec les principales plateformes du marché — Visium (10x Genomics), Xenium, MERFISH, Slide-seq, CosMx — et adaptons le pipeline à la résolution et à la nature de vos tissus.
- Segmentation tissulaire et clustering spatial — identification des domaines transcriptomiques et des structures anatomiques sans annotation manuelle préalable.
- Déconvolution cellulaire — intégration avec vos données scRNA-seq pour résoudre la composition cellulaire de chaque spot ou cellule spatiale.
- Expression différentielle spatiale — comparaison entre régions d'intérêt définies histologiquement ou algorithmiquement, avec prise en compte de la dépendance spatiale des observations.
- Analyse des niches cellulaires — identification des co-localisations récurrentes et des interactions cellule-cellule.
- Intégration multi-modale — alignement des données spatiales avec le scRNA-seq, l'imagerie histologique ou les données protéomiques pour une interprétation multimodale.
Génomique et Détection de Variants
Identifier un variant n'est qu'une première étape. Déterminer s'il est pathogène et fonctionnellement pertinent est le cœur de la question biologique ou clinique. Nos pipelines DNA-seq sont conçus pour aller jusqu'à cette étape d'interprétation — pas seulement produire un fichier VCF brut.
- Détection de variants constitutionnels et somatiques — SNPs, indels, CNVs et variants structuraux (SVs), avec des outils et des paramètres adaptés à chaque contexte, constitutionnel ou somatique.
- Annotation et priorisation fonctionnelle — chaque variant est confronté aux bases de données de référence (ClinVar, gnomAD, OMIM) et priorisé selon sa pertinence fonctionnelle et sa fréquence populationnelle.
- Classification ACMG — interprétation des variants selon les critères de l'American College of Medical Genetics, pour une pertinence directement exploitable en contexte diagnostique.
- Analyses trios et de populations — identification de variants de novo, études de ségrégation familiale, analyses de fréquences alléliques dans des cohortes.
- Intégration — possibilité d'intégrer la génomique avec des données de RNA-seq clinique.
Épigénétique
L'épigénétique répond à une question à laquelle la génomique seule ne peut pas répondre : pourquoi deux cellules avec le même génome se comportent-elles différemment ? Accessibilité de la chromatine, occupation des facteurs de transcription, méthylation de l'ADN — ces mécanismes régulateurs sont souvent au cœur des phénotypes pathologiques ou développementaux que vous cherchez à comprendre.
- ATAC-seq — détection des régions de chromatine accessible, identification des sites de liaison des facteurs de transcription et analyse différentielle de l'accessibilité entre conditions ou types cellulaires.
- ChIP-seq — cartographie des sites de liaison des protéines chromatiniennes, quantification du signal, analyse de motifs et comparaison multi-échantillons.
- Méthylation de l'ADN — analyse bisulfite-seq, annotation génomique des régions différentiellement méthylées, intégration avec l'expression génique.
- Intégration multi-omique — intégration des données épigénétiques avec le RNA-seq pour relier directement les régions régulatrices actives à leur impact transcriptionnel.
Assistance à la Conception Expérimentale
Des données fiables commencent par une conception réfléchie.
Un cabinet de consulting bioinformatique ne se limite à l'externalisation des analyses. Nous accompagnons les équipes de recherche pour optimiser les aspects bioinformatiques et statistiques de leur protocole expérimental avant l’acquisition des données, afin d’assurer rigueur scientifique, interprétabilité et maîtrise des coûts.
Nos services incluent :
- Analyse de puissance et estimation de la taille d’échantillon pour les études omiques
- Stratégies de randomisation et atténuation des effets de batch
- Choix des contrôles, réplicats et points temporels appropriés
- Définition de structures de métadonnées prêtes à l’analyse (conformes aux principes FAIR)
Support à la rédaction d’articles
Nous aidons les chercheurs à transformer des analyses complexes en résultats clairs et publiables.
Nos services incluent :
- Rédaction et structuration des sections méthodes et résultats
- Création de figures et tableaux de haute qualité
- Relecture des interprétations bioinformatiques
- Rédaction des réponses aux reviewers
- Préparation des documents complémentaires (code, méthodes détaillées, résumés des données brutes)
Nous agissons en véritables collaborateurs scientifiques, pas seulement en prestataires, pour garantir que votre travail soit bien documenté, reproductible et impactant.
Développement de pipelines personnalisés
En plus des workflows standardisés, nous proposons :
- Développement de pipelines personnalisés (Snakemake, Nextflow, WDL)
- Modélisation statistique, apprentissage automatique et réduction de dimension
- Conception et mise en place de bases de données pour la gestion des données biologiques
- Tableaux de bord interactifs et rapports reproductibles (R Markdown, Shiny, Quarto, Jupyter Notebook)
- Développement d’API pour intégration avec les infrastructures de recherche existantes
- Interfaces conviviales destinées aux chercheurs non techniques
Nous collaborons étroitement avec les équipes expérimentales pour aligner les objectifs biologiques avec la faisabilité analytique. Nous réduisons ainsi les retours en arrière, augmentant la reproductibilité et maximisant la valeur de vos données dès le départ.
Reprise et optimisation de vos scripts
Vous avez récupéré des scripts de collègues, d'anciens doctorants ou post-doctorants et vous souhaitez les utiliser comme nouvelle base de travail ? Les reproduire ou les mettre en forme pour publication ?
Nous pouvons vous accompagner sur les principaux langages utilisés en bioinformatique, notamment :
- Les langages de scripts de haut niveau tels que Perl, Julia, R et Python
- Les langages compilés de bas niveau tels que C, C++, Rust
- Les langages de workflow tels que Snakemake et Nextflow
- Les langages comme SQL, HTML, CSS…
Questions Fréquentes
Quels sont les avantages à passer par un prestataire extérieur en bioinformatique ?
Faire appel à un cabinet spécialisé présente plusieurs avantages concrets. Vous accédez immédiatement à une expertise pointue sans les délais et les coûts d'un recrutement — formation, salaire, logiciels, infrastructure. Vous bénéficiez d'un regard extérieur et indépendant sur vos données, souvent plus rigoureux qu'une analyse interne où les biais de confirmation peuvent s'installer. Enfin, vous restez concentré sur votre cœur de métier scientifique pendant que nous gérons la complexité analytique.
Une prestation extérieure est-elle adaptée à des analyses exploratoires ?
Oui, et c'est même l'un des contextes où elle apporte le plus de valeur. Une analyse exploratoire bien conduite évite de s'engager dans une direction coûteuse sur la base d'artefacts ou de biais méthodologiques. Nous sommes régulièrement sollicités en phase exploratoire pour aider les équipes à comprendre ce que leurs données contiennent réellement avant de définir des hypothèses formelles. Nous adaptons le niveau d'analyse et les livrables à ce type de contexte — moins formel, plus itératif.
Externalisation vs internalisation des analyses bioinformatiques. Comment choisir ?
Les deux approches ne sont pas mutuellement exclusives. L'internalisation est pertinente lorsque votre équipe génère des données en continu, sur des types d'analyses standardisés et répétitifs. L'externalisation s'impose pour des analyses ponctuelles, complexes ou qui requièrent des compétences très spécialisées — scRNA-seq, transcriptomique spatiale, intégration multi-omique — que vous n'avez pas en interne ou que vous n'utilisez pas assez régulièrement pour justifier un poste dédié. Beaucoup de nos clients combinent les deux : une équipe bioinformatique interne pour le quotidien, et Vidya BioSeq pour les analyses à forte valeur ajoutée.
Comment est garantie la confidentialité de mes recherches ?
La confidentialité est un prérequis non négociable à toute collaboration. Nous signons un accord de confidentialité (NDA) avant tout échange de données ou de résultats non publiés. Les données sont transférées via des canaux sécurisés et stockées sur des serveurs à accès restreint. Nous ne publions, ne partageons et ne réutilisons aucune donnée client sans accord écrit explicite. Si votre institution impose des protocoles de sécurité spécifiques — notamment en contexte clinique ou hospitalier — nous nous y conformons.
Quelles informations dois-je préparer avant de vous contacter pour un projet ?
Pour nous aider à mieux comprendre vos besoins, veuillez préparer des informations sur vos objectifs de recherche, le type de données dont vous disposez ou que vous prévoyez de générer, les analyses spécifiques qui vous intéressent, votre calendrier, ainsi que les défis particuliers auxquels vous faites face. Cela nous permettra de fournir une évaluation et une proposition plus précises.
Quel est le délai typique pour un projet ?
Les délais varient selon la complexité des analyses. Les petits projets peuvent être réalisés en 1 à 2 semaines, tandis que les analyses complexes peuvent prendre plusieurs mois. Nous fournissons une estimation détaillée lors de la consultation initiale, et pouvons adapter notre organisation pour répondre à des échéances urgentes lorsque cela est possible.
Proposez-vous des formations pour notre équipe dans le cadre de vos services ?
Oui, nous proposons des ateliers de formation et des sessions de transfert de connaissances. Ces sessions peuvent être adaptées au niveau de connaissances existant de votre équipe et à vos intérêts spécifiques.
Besoin d’une solution sur mesure ?
Notre équipe d’experts peut développer des approches bioinformatiques adaptées à vos défis de recherche spécifiques.
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